Fue en la ciudad de Trujillo, un 6 de enero de 1996, donde se gestó el Club Deportivo Universidad César Vallejo. Surgido como el brazo deportivo de la casa de estudios homónima y bajo la visión de César Acuña Peralta, el proyecto no tardó en definir su norte. Desde sus inicios, la consigna fue clara: edificar una institución sólida que, mediante una gestión ordenada y una marcada ambición competitiva, se convirtiera en un auténtico referente de identidad para la localidad.
Sus primeros años fueron de escalera y paciencia. A fines de 1996 e inicios de 1997, UCV comenzó en la tercera división trujillana y se coronó campeón. En 1998 repitió la historia en la segunda división, lo que le permitió llegar a la primera división local en 1999. En esa categoría, fue subcampeón en su primer año y tercero en el segundo, mientras el proyecto ganaba base y ambición.
La proyección al ámbito nacional se consolidó a través de la Copa Perú. Durante la campaña de 2001, el equipo acumuló los títulos distrital, provincial y departamental tras superar a rivales de peso como la Universidad Técnica de Cajamarca y José Gálvez de Chimbote. Pese a ese esfuerzo, la final ante Coronel Bolognesi FC concluyó con una derrota en la definición por penales. La revancha deportiva llegaría recién en 2003, año en que la UCV conquistó la Copa Perú y aseguró su boleto a la Primera División al vencer a Deportivo Educación de Abancay en el Estadio Nacional.
Su estreno en la máxima categoría tuvo lugar en 2004. Tras dos temporadas, el equipo perdió la categoría en 2005, pero su permanencia en el ascenso fue breve. Dos años más tarde, en 2007, regresó a la élite como campeón de la Segunda División. Este retorno inauguró una etapa de mayor estabilidad que culminó en 2009 con un logro histórico, pues se consiguió la primera clasificación a la Copa Sudamericana 2010 gracias a una destacada actuación en el torneo local.
El periodo entre 2010 y 2014 consolidó al club como un protagonista habitual del campeonato. Fueron años intensos donde se alternaron participaciones internacionales con luchas por la permanencia, incluyendo aquella salvación agónica en la última jornada. Destaca la temporada 2012, cuando el tercer puesto en la tabla general le permitió acceder a la Copa Libertadores 2013, certamen donde enfrentó a Deportes Tolima en la primera fase. Asimismo, 2014 quedó registrado como un año brillante en el plano continental, ya que el equipo alcanzó los cuartos de final de la Copa Sudamericana y se ubicó entre los ocho mejores del continente.
La vitrina institucional sumó su primer trofeo de gran envergadura en 2015 con la obtención del Torneo del Inca, logro acompañado por una nueva clasificación a la Libertadores. No obstante, el panorama cambió radicalmente en 2016 con el segundo descenso de su historia. La etapa posterior en Segunda División demostró el carácter del plantel, que tras quedarse a las puertas del ascenso ante Sport Boys en 2017, logró el campeonato y el retorno en 2018 al imponerse en la final contra Carlos A. Mannucci.
Entre 2019 y 2023, la UCV mantuvo un perfil competitivo con presencia regular en torneos internacionales. Sin embargo, la temporada 2024 representó un revés inesperado. A pesar de la fuerte inversión realizada en la plantilla, el equipo no pudo sostener la categoría y competirá en la Liga 2 desde 2025. Más allá del fútbol, la institución se ha consolidado como una entidad polideportiva con ramas de voleibol, natación, atletismo y baloncesto, construyendo una historia definida por el crecimiento, los títulos y la inquebrantable capacidad de reinvención.